در جوار آن مزار مدرسه‌اى عالى بنا كرد كه مشتمل بر بيوت و حجرات زيادى بود وى املاكى را بر آن مدرسه وقف كرد . اين مدرسه در سال 872 ه . ق . به اتمام رسيد . در سال 871 ه . ق . امير تيمور گوركانى بلخ را تسخير و دو قلعهء قديم را ويران كرد . از دوستونى كه باقى مانده‌اند پيداست كه از سنگ مرمر ساخته شده‌اند و دور هر ستون 11 گز است . بلندى هريك از آنها چهل گز مىباشد و عمارات ديگر بلخ را نيز اين‌گونه قياس كرده‌اند . در سال 900 ه . ق . سلطان حسين ميرزا مسجد جامع بلخ را به اتمام رسانيد . « 1 » بلخ در دوران حكومت تيموريان تا حدّى شكوه گذشته‌اش را بازيافت ، ولى پس از بناى مزار شريف در 20 كيلومترى شهر ، بلخ براى هميشه شهرت و آوازهء خود را از دست داد ؛ اكنون خرابه‌هاى بلخ قديم ناحيهء وسيعى را اشغال كرده است . « 2 » يكى از خدماتى كه در دوران تيموريان صورت گرفت ، بناى مزار ابو الحسن على بن ابى طالب بن عبيد اللّه بن على بن حسن بن حسين بن جعفر بن عبيد اللّه بن حسين الاصغر بن على بن الحسين بن على بن ابى طالب ( ع ) است . مؤلّف تاريخ مزار شريف براى اثبات وجود مرقد شاه ولايت در بلخ به چند كتاب تاريخى تأليف عده‌اى از مورخان صوفيه استناد كرده است . آنچه در اين چند كتاب نقل شده اغراق‌آميز و به افسانه شبيه است . اين مورخان به نادرست عقيده دارند كه تابوت حضرت امير المؤمنين على ( ع ) را از كوفه به بلخ انتقال داده‌اند . امير محمود بن مير ملا ولى بلخى در كتاب بحر الاسرار آورده است كه تابوت حضرت امير المؤمنين را از نجف به بلخ انتقال داده‌اند . « 3 » محمّد صالح بدوانى در كتاب تذكرهء هفتاد تن از مشايخ بلخ چگونگى انتقال تابوت شاه ولايت را نقل كرده است . مؤلّف كتاب مطالبى را دربارهء انتقال بدن مطهّر حضرت امير به اكابر دين نسبت داده است . محمّد مزيد محى الدّين حنفى در كتاب حجة البيضاء فى رد اهل الطغى ، پيرامون تابوت مولانا مولى الموحدين على ( ع ) مطالبى دارد .

--> ( 1 ) - مجمع الغرائب ، صص 4 - 76 . ( 2 ) - لغت‌نامهء دهخدا ، ذيل بلخ . ( 3 ) - بحر الاسرار ، ج 4 ، ص 255 .